from:http://bbs.hiapk.com/thread-1151284-1-1.html
1.安装java，这个自己去网上下载，这里不给地址了；
2.下载工具，这里我给个工具包 tools（其实也是我在坛子里找的，对分享者表示感谢），解压缩后使用；解压后有这些文件：
<ignore_js_op>
3.把想合并的apk和odex放在解压后的tools文件夹下面；
4.要把该apk和odex 文件所在的MOD 里的五个文件同时放在tools文件夹下面，者五个文件是：core.jar、ext.jar、services.jar、framework.jar、android.policy.jar；如果MOD里有这五个文件的odex文件，只需要五个文件的odex文件就可以了（多谢 释放 提醒）。其实在你把odex文件拖到deodex后，如果文件不全，会有错误提示缺少那个文件的。
5.下载签名软件。
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前面的准备工作做好之后就可以开始主要的操作了（以123.apk和123.odex为例）：
1.将123.odex拖放到deodex.cmd上面去，出现下面的窗口后，按任意键结束，此时会在tools文件夹下生成一个123文件夹；<ignore_js_op>
2.将123文件夹拖放到odex.cmd，出现下面的窗口后，按任意键结束，此时会在tools\123文件夹生成classes.dex；
<ignore_js_op>
3.用好压工具打开123.apk，不要解压缩，将得到的classes.dex拖进去；
<ignore_js_op>
4.保险期间，将加入了classes.dex的123.apk重新签名；
5.把上一步的123.apk放到 签名 文件夹下面，双击Sign.bat，等待片刻会生成123-signed.apk，这个就是可以安装的apk文件了，拿去安装使用吧！<ignore_js_op>
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所有步骤就是这些了，教程终于完成了，自己实践的步骤，下面你懂得……
所用到的tools和签名工具在坛子都有，搜索一下，应该能找到，要不改天补上……
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现 在2.2和2.3系统已经很多了，想合并2.2或2.3系统的文件的TX也有，原来上传的工具之支持2.1的文件，现在更新其中的smali和 baksmali为1.2.6版，能够支持2.2和2.3了，附件加压后把文件名的“-1.2.6”删去，即文件名为smali和baksmali后替换 原来tools文件夹内的文件就可以了，其他文件不用替换，操作过程依旧！
可能出现的问题：
1：
为了将ROM中system/app下的CertInstaller.odex反编译为CertInstaller.dex，输入命令：
“java -jar baksmali.jar -x CertInstaller.odex”
出现如下错误：
org.jf.util.ExceptionWithContext: Cannot locate boot class path file /system/framework/core.odex
at org.jf.dexlib2.analysis.ClassPath.loadClassPathEntry(ClassPath.java:2
17)
at org.jf.dexlib2.analysis.ClassPath.fromClassPath(ClassPath.java:161)
at org.jf.baksmali.baksmali.disassembleDexFile(baksmali.java:59)
at org.jf.baksmali.main.main(main.java:274)
提示的意思是缺少“core.odex”，于是将core.odex放到当前目录，重新输入命令，还是出现同样的错误！
解决方法：在当前文件夹下新建system文件夹，并在system文件夹下建立framework文件夹，然后将
常用的一些odex放入framework文件夹下，如 core.odex, ext.odex, framework.odex, android.policy.odex, services.odex（在相应ROM中system/framework/下提取，或从相应源码中out/…/system /framework/获得)，
再输入命令：
java -jar baksmali.jar -d ./system/framework -x CardManager.odex
按照它的提示缺哪个就将相应的odex放入framework文件夹，直到命令成功运行不报错误，成功后会在
当前文件夹下会生成一个out文件夹
最后输入命令：
java -Xmx512M -jar smali.jar out -o classes.dex
即可生成classses.dex文件
2：NullPointExcpetion的问题
smali和baksmali的版本不对，请到
3：
UNEXPECTED TOP-LEVEL EXCEPTION:
java.lang.RuntimeException: bad magic value: 64 65 79 0a 30 33 36 00
at org.jf.dexlib.DexFile.<init>(DexFile.java:382)
at org.jf.baksmali.main.main(main.java:249)
继续换版本，换成了1.2.6问题解决
总结一下：1.3.3可能是为4.0+准备的，所以很多的2.3.6的odex无法正常编译。
来自http://www.cnblogs.com/94cool/p/3622345.html