因为这部分挺多的，所以更新较慢，各位多关注吧。
一、搜索引擎
Open Access Library
即开放存取图书馆，致力于为学术研究者提供全面、及时、优质的免费阅读科技论文。已经存有 994,092 篇免注册，免费使用下载的英文期刊论文。
OATD
目前索引了来自1000家学术机构的超过240万笔论文。
PQDT Open
OAIster
http://www.oclc.org/home.en.html
密歇根大学开发维护的一个优秀的开放存取搜索引擎，收集了来自536 家学术机构的590万篇文档。
DART-Europe E-theses Portal
http://www.dart-europe.eu/basic-search.php
欧洲学位论文库，现有资源547363笔，来自欧洲28个国家的563所大学，开放获取，检索浏览均可
OA图书馆
搜索5000多个Open Access（开放存取）资源，绝大部分文献可免费下载全文。
DOAJ
DOAJ由瑞典Lund大学图书馆创建和维护，专门OA期刊文献检索系统，但不包括预印本资源。该系统收录期刊的文章都是经过同行评议或严格评审的，质量高，与期刊发行同步，且都能免费下载全文，是做研究的好帮手。
GoOA
http://gooa.las.ac.cn/external/index.jsp
开放获取论文一站式发现平台，服务对象主要为中国科学院研究人员，重点加强对高质量开放获取期刊的遴选，制定了规范的开放获取期刊评价原则和方法，实现开放获取期刊和论文的集成、语义检索和统计，并提供针对作者投稿的开放获取期刊推荐（主要是外文文献）。
中国科学院文献情报中心
中科院的学术搜索工具，非OA，不过标注了【获取全文】的，都能跳转到原网站下载。
RePEc
经济学论文搜索，其EconPapers（http://econpapers.repec.org/）页面有591,440 篇论文 (523,590 可下载) 、 2,123 册期刊中的1,050,528 文章 (984,639 可下载)、 和19,642 书籍 (9,214 可下载) ，还有一些其他资源或者文章，自行探索吧。
台湾eThesys
http://fedetd.mis.nsysu.edu.tw/FED-db/cgi-bin/FED-search/search_s
Ethos
万方数据 开放存取网
资源数量：目前共收录OA期刊2345家，其中中文期刊102 家，外文期刊2243 家；论文总数为 521262篇（已经相当时间没有更新了）。
Socolar
中国教育图书进出口公司认为一方面有必要对世界上重要的OA期刊和OA仓贮资源进行全面的收集和整理，另一方面也有必要支持对重要OA期刊和OA仓 贮资源进行统一检索，所以启动了Socolar项目，旨在为用户提供OA资源的一站式检索服务（注册登录后会省去一些验证的麻烦，但是很多链接已经失效 了）。
二、OA论文储存库
中国科技论文在线
教育部科技发展中心主办，主要涉及数学、 物理、 天文物理与空间科学 、化学 、 地球科学、农业与生物学、生命科学、健康与医学 、 工程、能源与技术、环境科学 、力学、材料科学、计算机科学和经济学与商务管理等等，可下载全文PDF。
PapersWeLove
一个有关于计算机学术科学的论文资源库，所有的论文都是有世界各地的优秀学者提交上来了的，该站也是一个论文讨论社区，根据不同的城市来分类，旨在帮助用户找到合适的论文并参与到本地的讨论中去，可以在GitHub网站上找到源码，也可以把自己的论文提交上去。
Questia
在线研究和论文写作资源，包含书籍、期刊、杂志和报纸文章。内容涉及如历史, 哲学、经济学、政治科学、英语和文学、人类学、 心理学和社会学。 资源总数相当巨大，来自信誉良好的商业和学术出版社的超过78000册在线书籍，900万多份杂志和报纸文章。
arXiv
一个收集物理学、数学、计算机科学与生物学论文预印本的网站。至2015年3月为止，arXiv.org已收集了超过1,025,646 篇预印本，并以约略每月五千篇的速率增加。
ScienceDirect
ScienceDirect是世界上科学研究出版的最大在线收藏。出版商是荷兰的爱思唯尔公司，包含了大约一千一百万篇文章、2500种期刊、6000多册电子图书、参考书、手册。
PMC
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/
PLOS
http://www.plos.org/publications/journals/
国家哲学社会科学学术期刊数据库
需要注册，阅读下载皆免费，深夜下载论文似乎有问题。
三、开放期刊
SCIRP
开放获取期刊学术出版商。该出版社还出版学术著作和会议记录。SCIRP目前在科学，技术和医学领域有200多种开放获取期刊。书籍、论文、期刊、会议记录开放存取，免费下载。
TandfOnline
一家理论和科学图书出版商，每年出版540多种期刊和1500多种新书，也是世界最大电子图书出版集团，电子图书出版的数量超过18000册，涵盖 和各学科，为不同领域的研究人员 学者提供了丰富的资料。非OA，但有大量openaccess和freeaccess文献可供大众查询下载。
汉斯国际中文开源期刊网
聚焦于Open Access中文期刊出版发行, 覆盖以下领域: 数学物理、生命科学、化学材料、地球环境、医药卫生、工程技术、信息通讯、人文社科、经济管理等。目 前，汉斯出版社的部分期刊已被世界著名开源期刊数据库DOAJ和知网（CNKI Scholar）等数据库收录。
Ivy出版社
http://www.ivypub.org/Index.shtml
专注于国际中文期刊的出版发行，所有论文均可以在世界范围内免费浏览、下载全文。又一个中文开源期刊网站，值得推荐，相关行业的朋友可以去看看。
这部分实在太多，各位可以移步：
国家科技图书文献中心【开放获取期刊集成检索试用系统】
http://oairs.nstl.gov.cn:8080/NSTL_OAJ/
有相当清晰的分类，可检索不同类型的期刊，同样也推荐
国家科技图书文献中心：http://www.nstl.gov.cn/
个人认为是非常好的文献搜索工具（需要注册），全文搜索、引文搜索功能非常强大，不过勾选过多选项后加载速度较慢，但大部分文章下载需付费。
四、其他（这部分并非官方开放下载）
全国图书馆参考咨询联盟
http://www.ucdrs.superlib.net/
注册登录后，搜索关键词，就能查找相应的论文、报纸等资源，选择邮箱接受全文，即可免费获得电子版资源（caj格式），不过要注意的是，尽量选择在平常工作时间请求全文，深夜请求的话，只能等到白天才有回复了（似乎是人工服务，耐心等待吧）。
学术猫
中外论文免费在线阅读（无图），提供由百度支持的全文搜索，一直没有开放注册，想投稿论文可以先加入他们的QQ群。